1998年5月,分院成立第十二届团委,由张秀芝任团委书记,茅竹任团委副书记,冉涛、黄晓斌、王元伟、董枫、毛诗华任团委委员。2001年4月,分院团委换届选举并报上海市科技团委批准,成立第十三届团委,由朱爱存任团委书记,史志永、张伟、倪春明、黄文涛任团委委员。2005年4月,分院团委换届选举并报上海市科教团工委批准,成立第十四届团委,陈楠任团委书记,马丽华、赵庆龙任团委副书记,张军、金鑫、高奔、董红赞任团委委员。
分院团委下设天地上海分公司团支部、运输机电中心团支部、测试中心团支部和液压、公司、机关联合团支部。其中,曹杨任天地上海分公司团支部书记,李继林、宋晓华、林杭任团支部委员;袁敏任运输机电中心团支部书记,夏祥武、陈丽丽任团支部委员;金鑫任测试中心团支部书记,蔡利新、陈峤鹰、奚丽峰任团支部委员;胡军任液压、公司、机关联合团支部书记,吴闻杰、顾绍欣任团支部委员。
截至2008年12月,分院共有团员88人。